1896-cı ildə Bakı şəhərində anadan olmuşdur. 1919-cu ildə Müsavat (həmçinin “Eserlər” və “Əkinçi” partiyalarında fəaliyyət göstərmişdir) partiyasına daxil olan H.Zeynallı Elmlər Akademiyasının Azərbaycan filialının Dil və Ədəbiyyat İnstitutunda elmi katib vəzifəsində işləmişdir.

1919-cu ildə Ümumittifaq Kommunist (bolşeviklər) Partiyasının üzvü olmuş, 25.01.1937-ci ildə partiyadan xaric edilmişdir.

Hərbi uçotda tibb heyətinə aid edilmiş, Qızıl Ordu sıralarında əvvəl müəllim, sonradan siyasi şöbənin rəisi kimi xidmət etmişdir.

Barəsində irəli sürülmüş ittihamlara görə o, 1925-ci ildən qiyamçı-terrorçu və təxribatçı-casus pantürkçü təşkilatın üzvü olmuşdur. Həmin təşkilatın məqsədi Azərbaycanda sovet hakimiyyətinin devrilməsi və Azərbaycanın SSRİ-nin tərkibindən çıxarılması idi. Əks-inqilabi fəaliyyətlə məşğul olan H.Zeynallı sovet partiya rəhbərlərinə qarşı terror aktlarının hazırlanmasında iştirak etmişdir.

H.Zeynallı 28.01.1937-ci ildə Azərbaycan SSR XDİK tərəfindən həbs edilmişdir. SSRİ Ali Məhkəməsinin Hərbi Kollegiyasının 13.10.1937-ci il tarixli hökmünə əsasən H.Zeynallı Azərbaycan SSR CM-nin 64 (silahlı üsyan), 69 (əks-inqilabi məqsədlərlə dövlət sənayesinin, nəqliyyatın, pul tədavülünün və s. işinin pozulması) 70 (terror aktları), 73-cü (əks-inqilabi fəaliyyət) maddələri ilə təqsirli bilinərək, güllələnməyə məhkum edilmişdir. Hökm 13.10.1937-ci ildə icra edilmişdir.

SSRİ Ali Məhkəməsinin Hərbi Kollegiyasının 30.03.1957-ci il tarixli qərarına əsasən H.Zeynallıya bəraət verilmişdir.